Akademik Veri Yönetim Sistemi
Tezin Türü: Yüksek Lisans
Tezin Yürütüldüğü Kurum: Akdeniz Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Bitki Koruma Bölümü, Türkiye
Tezin Onay Tarihi: 2023
Tezin Dili: Türkçe
Öğrenci: Havva Nur CAYAK
Danışman: Hakan Fidan
Özet:
Domates (Solanum lycopersicum) ve
biber (Capsicum annuum), dünyada olduğu gibi ülkemizde de insan gıdası
olarak çok farklı kullanımları olan ve ülke ekonomisine katkı sağlayan
vazgeçilmez sebze türleridir. Virüs hastalıkları domates üretimindeki en önemli
sorunlardan biridir. Virüslere karşı kullanılan kimyasal savaş yönteminin
uygulanamaması ve diğer kontrol yöntemlerinin üretici firma tarafından
bilinmemesi virüs kaynaklı kayıpların artmasına neden olmaktadır. Bu çalışmada,
üç önemli bitki virüsünün eş zamanlı tespiti için üç farklı primer-prob çiftine
sahip Taqman® prob tabanlı Real-time multiplex PCR yöntemi geliştirilmiştir.
Domates ve biberde çok fazla verim kaybına neden olan bu virüsler, Tomato
Brown Rugose Fruit Virus (ToBRFV), Tomato Spotted Wilt Virus (TSWV)
ve Pepino Mosaic Virus (PepMV)’ dir. Yukarıda bahsedilen üç virüsün kılıf
protein dizileri, Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi'nden (NCBI) elde edildi ve
BLAST gerçekleştirildi. Daha sonra ortak bölgeler belirlenerek Primer3 programı
kullanılarak primer ve prob tasarımları yapılmıştır. Yoğun optimizasyon
süreçleri gerektiren bir yöntem olan Multiplex qRT-PCR çalışmamızın temel amacı
hassas, hızlı ve ekonomik bir yöntem sağlamak olduğu için PCR yönteminin
istenilen noktaya ulaşmasını sağlayacak optimum koşullar belirlenerek dilüsyon
serileri hazırlanmıştır. Bu hedefler ToBRFV için FAM kanalı, Tswv için HEX
kanalı ve Pepmv için Cy5 kanalı seçildi. Multipleks qRT-PCR deneyi, sırasıyla
19.09, 21.89 ve 21.63 Ct değerleriyle başarılı olmuştur.