Genomic prediction and association analyses of energy corrected milk yield in dairy cows

ANKARA UNIVERSITESI VETERINER FAKULTESI DERGISI, cilt.68, ss.383-388, 2021 (SCI-Expanded)

Yayın Türü: Makale / Tam Makale
Cilt numarası: 68
Basım Tarihi: 2021
Doi Numarası: 10.33988/auvfd.775597
Dergi Adı: ANKARA UNIVERSITESI VETERINER FAKULTESI DERGISI
Derginin Tarandığı İndeksler: Science Citation Index Expanded (SCI-EXPANDED), Scopus, Academic Search Premier, CAB Abstracts, EMBASE, Veterinary Science Database, TR DİZİN (ULAKBİM)
Sayfa Sayıları: ss.383-388
Akdeniz Üniversitesi Adresli: Evet

Süt sığırlarında, süt verimi (SV) için enerji dengesi ile metabolizmanın korunması önemlidir. SV için genetik ve genomik

analizlerine olan ilgi son yıllarda önem kazanmıştır. Enerjice düzeltilmiş süt verimi (EDSV) konusunda ise SV'den farklı olarak daha

az araştırma bulunmaktadır. Bu çalışmanın amacı EDSV'ye sebep olabilecek tek nükleotid polimorfizmlerini (TNP) belirlemek ve

bunlar üzerinden farklı genomik modeller kullanarak genomik tahminler (GT) yapmaktır. Bu çalışmada daha önceden yayınlanmış bir

veri seti kullanılarak, 773 Holstayn ineğe ait EDSV gözlemleri ile 62410 TNP ve çiftlik bilgileri incelenmiştir. Beşinci kromozom gibi

kısa bir kromozomda (28446 TNP) ve 29. kromozomda (12776 TNP) GT için genomun diğer bölgelerine göre daha yüksek etki

büyüklükleri belirlenmiştir. Bu durum 5. kromozomda yer alan major bir gen ile açıklanabilir. GT sonuçları EDSV ve EDSV kalıntıları

ile elde edilmiş ve 10 katlı çapraz sorgulama ile 0,6422 ve 0,3529 doğruluk oranları bulunmuştur. Bu da ECYM'nin GT modellerinde

orta doğrulukta kullanılabileceğini göstermiştir. Bu çalışmada; çiftlik etkilerinin GT doğruluklarında bir etkiye sahip olduğu

gösterilmiştir.

Energy balance plays a critical role in the maintenance of metabolism for producing milk yield (MY) in dairy cows.

In recent years, there has been increasing interest in genetic and genomic analyses of MY. In contrast to MY there is much less

information about genomic evaluation of energy corrected milk yield (ECMY). The purpose of this paper is to detect associated single

nucleotide polymorphisms (SNPs) with ECMY and genomic prediction (GP) of ECMY using different genomic models with special

reference to underlying genetic architecture of ECMY. In this study we used published data of 773 Holstein cows with phenotypic

observations for ECMY and dairy farm information with 62410 SNPs. One interesting finding is that some short chromosomes as such

chromosomes 5 (included 28446 SNP) and 29 (included 12776 SNP) had higher effects sizes compared with the rest of the genome. A

possible explanation for these results may be related with the existence of major genes at the chromosome 5. The GP results showed

that ECYM and residuals of ECYM, had the accuracies from a 10-fold cross validations as 0.6422 and 0.3529 respectively. It was

found that ECMY could be used for GP due to moderate accuracies. Taken together, dairy farm effects suggest an impact for accuracies

of GP.