NITRATE TRANSPORTER 2 (NRT2) FAMILY GENES IN TOMATO


Creative Commons License

Akbudak M. A.

7th INTERNATIONAL ZEUGMA CONFERENCE ON SCIENTIFIC RESEARCH, Gaziantep, Turkey, 21 - 23 January 2022, pp.340

  • Publication Type: Conference Paper / Summary Text
  • City: Gaziantep
  • Country: Turkey
  • Page Numbers: pp.340
  • Akdeniz University Affiliated: Yes

Abstract

High-affinity nitrate transporter 2 (NRT2) proteins have vital roles in nitrate (NO3-) uptake and

translocation in plants. The gene families coding NRT2 proteins have been identified and functionally

characterized in many plant species. However, no systematic identification of NRT2 family members

have been reported in tomato (Solanum lycopersicum). There is also little known about their

expression profiles under environmental stresses. Accordingly, the present study aimed to identify

NRT2 gene family in the tomato genome; then, investigate them in detail through bioinformatics,

physiological and expression analyses. As a result, four novel NRT2 genes were identified in the

tomato genome, all of which contain the same domain belonging to the Major Facilitator Superfamily

(PF07690). The co-expression network of SlNRT genes revealed that they were co-expressed with

several other genes in many different molecular pathways including transport, photosynthesis, fatty

acid metabolism and amino acid catabolism.

Yüksek Afiniteli Nitrat Taşıyıcı 2 (NRT2) proteinleri, bitkilerde nitrat (NO3-) alımı ve

translokasyonunda hayati rollere sahiptir. NRT2 proteinlerini kodlayan gen aileleri, birçok bitki

türünde tanımlanmış ve işlevsel olarak karakterize edilmiştir. Bununla birlikte, NRT2 aile üyelerinin

domateste (Solanum lycopersicum) sistematik olarak tanımlanması rapor edilmemiştir. Ayrıca

çevresel stresler altındaki ifade profilleri hakkında çok az şey bilinmektedir. Bu nedenle bu çalışma,

domates genomunda NRT2 gen ailesini tanımlamayı ve daha sonra bunları biyoinformatik, fizyolojik

ve ekspresyon analizleri yoluyla detaylı olarak araştırmayı amaçlamıştır. Sonuç olarak, domates

genomunda, tümü Major Facilitator Superfamily ailesine (PF07690) ait aynı alanı içeren dört yeni

NRT2 geni tanımlanmıştır. SlNRT genlerinin ortak ifade ağı, bu genlerin taşıma, fotosentez, yağ asidi

metabolizması ve amino asit katabolizması dahil olmak üzere birçok farklı moleküler yolaktaki diğer

genlerle birlikte ifade edildiğini ortaya çıkarmıştır.