Transplantasyon sonrası sitomegalovirüs [cytomegalovirus (CMV)] ile ilişkili komplikasyon gelişme riski olan hastaların belirlenmesinde viral yük izlemi önemlidir ve bu amaçla en çok kantitatif gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu [quantitative real-time polymerase chain reaction (Rt-qPCR)] testleri kullanılmaktadır. Kantitatif ölçüm yapan CMV DNA Rt-qPCR testlerinde en büyük sorun farklı laboratuvarlarda, farklı kitlerle yapılan ölçümlerde önemli ölçüm farklarının olmasıdır. Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ) tarafından geliştirilen CMV Uluslararası Kantitasyon Standardı (UKS) ile kalibre edilmiş RT-qPCR testlerinin kullanılmaya başlanmasıyla birlikte laboratuvarlar arası viral yük ölçümlerinin karşılaştırılabilirliği artmıştır ancak farklı kitlerle yapılan ölçümler arasında kantitatif uyum hala tam olarak sağlanamamıştır. Bu çalışmada, DSÖ CMV UKS ile kalibre edilmiş, tam otomatize yeni nesil sistemler olan Cobas 6800 (Roche Diagnostics, Mannheim, Almanya) ve NeuMoDx (Qiagen, Ann Arbor, ABD) CMV DNA Rt-qPCR testleri ile yapılan ölçümler arasında kantitatif uyumun araştırılması amaçlanmıştır. Cobas 6800 CMV Rt-qPCR ve NeuMoDx CMV Rt-qPCR testleriyle eş zamanlı olarak çalışılmış 214 plazma örneğinin sonuçları analiz edilmiştir. Testlerde ekstraksiyon, amplifikasyon ve saptama aşamaları tam otomatik olarak gerçekleştirilmiştir. CMV DNA her iki testte 144 (%67.28) örnekte saptanmış, 53 (%24.76) örnekte saptanmamıştır. Toplam 17 (%7.94) örnekte uyumsuz sonuç elde edilmiştir. Her iki testin kalitatif sonuçları arasında iyi düzeyde uyum saptanmıştır (kappa= 0.80, p< 0.001). Her iki testin dinamik ölçüm aralığında elde edilen kantitatif sonuçlar (n= 129) incelendiğinde Cobas 6800 CMV Rt-qPCR ve NeuMoDx CMV Rt-qPCR testleriyle ölçülen ortanca viral yük değerleri sırasıyla 513 IU/mL (aralık= 35-37000) ve 741 IU/mL (aralık= 68-48978) olarak hesaplanmıştır. Korelasyon analizine göre her iki testin sonuçları arasında çok kuvvetli korelasyon saptanmıştır (r= 0.94, p< 0.001). Bland-Altman analizine göre NeuMoDx CMV Rt-qPCR testiyle Cobas 6800 CMV Rt-qPCR testi sonuçları arasında ortalama fark -0.14 $log_{10}$ [standart sapma (SS)= 0.23] IU/mL olarak bulunmuş, Cobas 6800 CMV Rt-qPCR testiyle NeuMoDx CMV Rt-qPCR testinden daha düşük ölçümler yapıldığı saptanmıştır. Her iki testin dinamik ölçüm aralığında sonucu olan 129 örneğin 120 (%93)’sinde ölçüm farkı ± 0.5 $log_{10}$ IU/mL sınırları içinde, 9 (%7)’unda ise ± 0.5 $log_{10}$’dan fazla olarak gözlenmiştir (ortanca 0.54 $log_{10}$ IU/ml; aralık= 0.51-0.81). Hiçbir örnekte ± 1.0 $log_{10}$’dan fazla ölçüm farkı saptanmamıştır. Bu çalışmada CMV UKS ile kalibre edilmiş tam otomatize Cobas 6800 CMV Rt-qPCR ve NeuMoDx CMV Rt-qPCR testleriyle plazma örneklerinde yapılan ölçümlerde kantitatif uyum saptanmıştır. CMV DNA saptanmasında Cobas 6800 ve NeuMoDx tam otomatize sistemleriyle yapılan viral yük ölçümlerinin karşılaştırıldığı bir çalışma ulaşılabildiği kadarıyla bugüne kadar henüz yapılmamıştır, bu çalışma bu konuda ilk çalışmadır.
Viral load monitoring is important in identifying patients at risk of developing cytomegalovirus (CMV) related complications after transplantation and for this purpose, quantitative real-time polymerase chain reaction (Rt-qPCR) tests are most commonly used. The main problem in CMV DNA Rt-qPCR tests that make quantitative measurements is that there are significant differences in measurements performed with different kits in different laboratories. Comparability of viral load measurements between laborato- ries has increased with the introduction of quantitative PCR tests calibrated with the CMV International Quantitation Standard (IQS) developed by the World Health Organization (WHO). However, quantitative agreement between measurements made with different kits has still not been fully achieved. In this study, it was aimed to investigate the quantitative compatibility between measurements made with Cobas 6800 (Roche Diagnostics, Mannheim, Germany) and NeuMoDx (Qiagen, Ann Arbor, USA) CMV DNA Rt-qPCR tests, which are fully automated new generation systems calibrated with the WHO CMV IQS. The results of 214 plasma samples, which were studied simultaneously with Cobas 6800 CMV Rt-qPCR and NeuMoDx CMV Rt-qPCR tests were analyzed. In the tests, the extraction, amplification and detec- tion stages were carried out fully automatically. CMV DNA was detected in 144 (67.28%) samples in both tests and was not detected in 53 (24.76%) samples. Incompatible results were obtained in a total of 17 (7.94%) samples. Good agreement was found between the qualitative results of both tests (kappa= 0.80, p< 0.001). When the quantitative results (n= 129) obtained in the dynamic measurement range of both tests were examined, the median viral load values measured by Cobas 6800 CMV Rt-qPCR and NeuMoDx CMV Rt-qPCR tests were 513 IU/mL (range= 35-37000) and 741 IU/mL (range= 68-48978), respectively. According to the correlation analysis, a very strong correlation was found between the results of both tests (r= 0.94, p< 0.001). According to Bland-Altman analysis; the average difference between the results of the NeuMoDx CMV Rt-qPCR test and the Cobas 6800 CMV Rt-qPCR test was found to be -0.14$log_{10}$ [standard deviation (SD)= 0.23] IU/mL and it was determined that the Cobas 6800 CMV Rt-qPCR test had lower measurements than the NeuMoDx CMV Rt-qPCR test. In 120 of 129 samples (93%) whose results were within the dynamic measurement range of both tests, the measure- ment difference was within ± 0.5 $log_{10}$ IU/mL and in 9 (7%), it was detected as more than ± 0.5 $log_{10}$ (median 0.54 $log_{10}$ IU/ml; range= 0.51-0.81). No measurement difference of more than ± 1.0 $log_{10}$ was detected in any sample. In this study, quantitative agreement was found in the measurements made in plasma samples with the fully automated Cobas 6800 CMV Rt-qPCR and NeuMoDx CMV Rt-qPCR tests calibrated with the CMV IQS. To the best of our knowledge, a study comparing viral load measurements made with Cobas 6800 and NeuMoDx fully automated systems in the detection of CMV DNA has not yet been conducted, and this is the first study on this subject.
